中药材的命名方式极多，大多都有规律可循，一般是根据药物的形态、气味、颜色、产地、功效、药用部位等诸方面的特征，单独或综合起来命名的。

以形态命名如牛膝，因其茎节粗而膨出，状似牛的膝关节而得名；白头翁则以其“近根处有白茸，状似白头老翁”而得名；狗脊的根上有金黄色的茸毛，酷似狗脊而得名，真是栩栩如生。其他如马兜铃、连翘、两面针、八角莲、木蝴蝶、七叶一枝花等也皆以形态而得名。

以气味命名有酸味的酸枣仁、甜味的甘草、苦味的苦参、辣味的细辛皆以味而得名；五味子因其“皮肉甘酸，核中辛苦，都有咸味”，五味俱全故而得名；鱼腥草因其叶具有鱼腥味而得名；麝香、丁香、藿香、降香均以香味而得名；臭灵丹、臭茉莉、臭梧桐则以臭味而得名。

以颜色命名。许多中药具有各种天然的颜色，因此，药物的颜色也成了药名的来源之一。例如玄参，玄为黑色，其茎微似人参，根甚黑，故称玄参。有一种药物，“其茎空心，中有白瓤，轻白可爱”（《本草纲目》），因而命名为白通草。青蒿，据《本草纲目》介绍，蒿为草之高者，“常蒿色淡青，此蒿深青，如松桧之色。至深秋，余蒿并黄，此蒿犹青，其气芬芳”，因而得名。此外，尚有赭石、蓝花菊（马兰）、紫草、黄柏、青黛、朱砂等中药。六月雪、满山白等，更是充满诗情画意的名称。

以产地命名如川连、川芎、川贝母等，皆因主产于四川而得名；广藿香、广皮、广木香产于广东；建曲、建泽泻产于福建；云茯苓产于云南；关防风、关黄柏产于东北地区，因而得名。还有蜀椒、杭菊、浙贝、阿胶，皆因产地而得名。

以药物功效命名防风能治诸风头痛；泽泻能泄利水湿；益母草能治妇科病；千年健能“祛风延年”；远志能益智安神强志；骨碎补能活血壮筋、续骨疗伤；孩儿参用于补益儿童气虚等。

以药用部位命名植物以花入药的有菊花、洋金花、旋覆花等；以子入药的有莲子、莱菔子、菟丝子、枸杞子等；以叶入药的有艾叶、苏叶、淡竹叶、侧柏叶等；以藤入药的有海风藤、夜交藤、鸡血藤等；以根入药的有葛根、芦根、山豆根等；以皮入药的有秦皮、五加皮、地骨皮；以木质部分入药的有苏木、竹茄；以动物药用部分入药而命名的有蝉蜕、牛黄、鳖甲、龟板、鹿茸；矿石入药的则有朱砂、赫石、滑石等。

另外，有些中药的别名也颇耐人寻味。甘草有调和诸药的功效，尤似和事的国老，故又称“国老”；大黄泻下作用猛烈，功大力专，好似勇猛无敌的将军。故也称“将军”；其他如灶心土，称“伏龙肝”，花生衣称“凤凰衣”等。

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